電子顯微鏡多用于細胞超微結構和病理改變的觀察。細胞超微結構主要包括細胞膜和細胞游離面特化物、細胞器、細胞核，細胞核又包括核膜、染色質、核仁、核基質等。超微病理結構包括病毒的超微結構、腫瘤細胞的超微結構、內分泌腺腫瘤超微病理結構、生殖系統腫瘤超微病理改變、呼吸道超微病理改變、腎及膀胱的超微病理、胃腸肝臟的超微病理改變、血細胞和血小板的超微病理改變、骨骼肌超微病理改變等。  

    電子顯微鏡很好的彌補的傳統的光學顯微鏡的缺陷，使人類的研究向更加細微、的方向發展。  

    電子顯微鏡可廣泛用于生物學、組織學、細菌學、藥物化學等研究工作，在醫療中可進行臨床試驗。  

    電子顯微鏡配備了無窮遠物鏡柯拉照明，雙目觀察，可選購暗場和相襯裝置及簡易偏光裝置等附件，從而擴大使用范圍。